se hace a traves de un driver que es una biblioteca formato jar (descargalo aqui) la forma de agregar la libreria al path de tu servidor web depende del servidor yo he trabajado con dos servidores el apache y el del net beans (apache tambien pero se configura diferente).
para agregar bibliotecas en NetBeans http://zona-cartagena.blogspot.com/2009/07/agregando-librerias-netbeans.html.
para agregar en apache pues debes conocer la estructura de una aplicacion web
AplicacionWeb
|_WEB-INF
|__classes
|__lib
en la carpeta clases van todas las clases de tu aplicacion dentro de las cuales la de la conexion a base de datos por lo general llamada Model o Modelo
en la carpeta lib debe ir el driver
luego de todo esto, para la conexion en forma puntual en tu clase modelo debes definir un parametro de tipo java.sql.Connection, java.sql.PreparedStatement y un java.sql.ResultSet. Aparte de esto debes tener los parametros de conexion como lo son direccion de la clase driver que sería String driver = "com.mysql.jdbc.Driver"; , la direccion de la base de datos String url = "jdbc:mysql://localhost:3306/base_de_datos"; , y los datos de acceso osea nombre y clave para acceder a la base de datos String nombre = "root"; y String clave = "admin";
y luego con este metodo se haria la conexion
public void conectar() throws SQLException {
if (driver == null) {
throw new SQLException("Driver no cargado");
}
if (url == null) {
throw new SQLException("URL invalida");
}
try {
Class.forName(this.driver);
} catch (ClassNotFoundException ex){
desconectar();
throw new SQLException("Error en la conexion, No cargo el Driver ");
}
co = DriverManager.getConnection(url,nombre,clave);
}
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